İlk ortaya çıkışının MÖ 7. yüzyıla kadar uzandığı tahmin ediliyor. Tarihçi Strabon, antik kentin eski bir Karia yerleşimi üzerine Giritliler tarafından kurulduğunu iddia etmiş. O vakitler Menderes Nehri ağzında bir liman şehri olan Miletos, bugün denizden 9 km içerde. Tunç Çağı kaynaklarında geçen Millawanda isminin de Miletos olduğu düşünülüyor. Kent, Klasik ve Hellenistik çağlarda büyük gelişme göstermiş, en büyük ve önemli yerleşim haline gelmiş. Menteşe Beyliği döneminde çevresi ile birlikte Türk hakimiyetine geçen bölge, Balat adıyla bir kent olmuş, Osmanlı döneminde giderek küçülerek bir köye dönüşmüş. 1899’da bölgede Alman kazıları başlamış ve 1955 yılında bir depremle kısmen harap olan köy, antik kent üzerinden kaldırılıp yakınlarda yeniden kurulmuş.