Hastalık taşıyanların izolasyonu anlamına gelen ve önce 30 günden (trentino) sonra 40 güne (quarantino) çıkarılan önlemin adı İtalyanca. Osmanlı Devleti’nde bilinen ilk karantina uygulaması Sultan 2. Mahmud döneminde, 1831’deki büyük kolera salgını sırasında olmuştu. Avrupa ülkeleri ise 14. yüzyılda kıtayı kasıp kavuran veba salgınları sırasında karantina uygulamasına geçtiler.
İtalyanca 40 anlamına gelen “quaranta” kelimesinden gelen karantina, bulaşıcı hastalığa maruz kalmış olabilecek kişileri, hayvanları ve eşyaları gözetim altında tutmak için zorunlu araç olarak kabul edilen bir yöntem. Karantina özellikle veba salgınlarının Avrupa’yı kasıp kavurduğu 14. yüzyıldan beri izolasyon, sağlık kordonu, tütsü ve ilaçla dezenfeksiyon ve hastalık yaydığına inanılan kişilerin gruplandırılması gibi hastalık kontrol stratejilerinin temel taşı oldu.
14. yüzyılın ortasından itibaren tekrarlayan veba dalgaları tüm Avrupa’yı neredeyse silip süpürüyordu. Veba 1347’de Güney Avrupa’ya ulaştıktan sonra hızla yayılarak İngiltere’ye, 1350’de Almanya ve Rusya’ya ulaştı (bu sırada Avrupa nüfusunun üçte birinin öldüğü tahmin edilir). Salgının derin etkisi enfeksiyonu kontrol altına alma çabalarını uç noktalara taşıyordu. 1374’te İtalya’da, vebaya yakalanan herkesin şehir dışına bırakılması emredilmişti. Benzer strateji, işlek bir Akdeniz limanı olan bugünkü Dubrovnik’te uygulandı. Veba ortaya çıktığında şehrin hekimi Jacob of Padua, şehrin surları dışına hastalar için bir yer yapılmasını istedi. Bu tavsiyeler sağlıklı halkı korumak içindi ama ancak bir ölçüde etkiliydi ve şehir konseyi salgının yayılmasını önlemek için daha radikal kararlar almaya başladı. 1377’de konsey 30 günlük bir izolasyon kanunu (trentino) çıkardı. Kanunun 4 maddesi vardı: 1- Salgın bölgesinden hiçbir kimse 30 günlük izolasyonu bitirmeden Ragusa’ya alınmayacak, 2- Ragusa’dan hiçbir kimse izolasyon bölgesine girmeyecek ve girerse 30 günlük izolasyonla cezalanacak, 3- Konseyin izni olmadan izolasyondakilere yiyecek götürülmeyecek, aksi halde 30 gün izolasyon cezası alacak, 4- Kurallara uymayanlar 1 ay boyunca izolasyona tabi tutulacak.
Sonraki 80 yıl boyunca benzer kanunlar Marsilya, Venedik, Pisa ve Genoa’da da yürürlüğe kondu. Daha sonraları izolasyon periyodu 30 günden 40 güne uzatıldı ve “trentino” adı da İtalyanca 40 anlamındaki quaranto’dan gelen “quarantino” olarak değişti. İzolasyon döneminin niçin 30 günden 40 güne çıkarıldığı tam bilinmiyor; 30 günün yetersiz olmasından kaynaklanabileceği gibi ruhsal arınmayı ifade eden dinî inançlar nedeniyle de olabilir.
Sonuçta, ilk uygulaması 1377’de Venedik ve Dubrovnik’te yapılan ve ilk karantinahânenin 1423’te Venedik yakınlarında Santa Maria di Nazeret adasında kurulduğu karantina uygulaması, günümüze kadar süregelmiş ve modern tıpta da yerini korumaktadır.
Yüzyıllar boyu insanlığı dehşete düşüren büyük veba salgınlarının yerini 19. yüzyılda kolera pandemileri aldığında, modern anlamda karantina uygulaması yaygınlaştı ve sağlık alanında milletlerarası iş birliği ve antlaşmalar yapılmasının yolu açıldı.
Osmanlı Devleti’nde bilinen ilk karantina uygulaması Sultan 2. Mahmud döneminde, 1831’deki büyük kolera salgını sırasında olmuştu. Rusya’da ortaya çıkan hastalık üzerine İngiltere, Fransa, Nemçe sefirleri Rusya’dan Osmanlı limanlarına gelecek gemilere karantina tatbik edilmesini istediler. Bunun üzerine 2. Mahmud devlet ricâlinden karantina konusunun müzakere edilerek uygulamaya başlanmasını emretti. İstanbul’a gelen bütün gemiler Boğaziçi’nde bekletilecekti. 2. Mahmud’un iradesiyle Mustafa Nazif Efendi müstakil olarak karantina işiyle görevlendirildi. Karadeniz’den İstanbul’a gelecek “İslâm gemileri”nin Büyük Liman’da, diğer devlet gemilerinin İstinye Koyu’nda beş gün karantina altında tutulması kararlaştırıldı. Koleradan korunmak için başvurulacak karantina usulüne dair Hekimbaşı Mustafa Behçet Efendi’nin yazdığı risâle dağıtıldı. Vebalı hastalara Maltepe Hastahanesi’nde ve Kızkulesi’nde “usûl-i tehaffuz” uygulandı. (Osmanlılarda karantina yerine “usûl-i tehaffuz” tabiri kullanılmıştır).
Osmanlılar’da karantina uygulaması daha sistemli olarak 1835’te Çanakkale’de başladı. Akdeniz çevresini etkileyen kolera dolayısıyla Çanakkale’de karantina çadırları kuruldu, Marmara ve İstanbul’a gidecek gemiler bir süre bekletildi. Karantina bekleyen kayıkların reislerine karantina tezkiresi verilmesi usulü getirildi. İstanbul’un çeşitli yerlerinde karantina noktaları kurularak faaliyete başlandı. Karantina tatbikatında her millet için ayrı ayrı hastahane yapımı gerektiğinden hastahaneleri olmayan Yahudilere ve Karaimlere Hasköy’de kendi hastahanelerini yapma izni verildi. İstanbul dışında Bursa, Trabzon, Midilli, Siroz, Çanakkale gibi pek çok yerde karantina noktaları kuruldu.
1839’da Meclis-i Umuru Sıhhiye, Türkiye ve İstanbul Limanı hakkında 26 maddeden oluşan bir tüzük düzenleyerek gemilerin zorunlulukları, şüpheli veya bulaşıcı hastalık taşıyan gemiler ve karantina sırasında uyulacak kurallar açıklandı. Genel sağlık için gerekli bazı tedbirlerin düzenlenmesi için 1851’de Paris’te yapılan toplantıda karantina hastalıkları veba, kolera ve sarıhumma ile sınırlandırıldı ve karantina süresi tüm ülkeler için 15 gün olarak belirlendi.
Meclis-i Umuru Sıhhiye 1914’te kapitülasyonlarla beraber kaldırıldı ve yerine Hudut Sıhhiye Müdüriyeti kuruldu. 1. Dünya Savaşı sona erip İstanbul İtilaf Devletleri tarafından işgal edilince 1918’de çoğunluğu yabancılardan oluşan Beynelmüttefikin Sıhhiye Kontrol İdaresi kuruldu.
24 Temmuz 1923 tarihinde imzalanan Lozan Barış Antlaşması’na göre Türkiye 5 sene süreyle danışman unvanı ve Türk memuru olarak üç Avrupalı doktorun karantina işlemlerinde çalışmasına izin verdi. 1923’te İstanbul geri alındıktan sonra Beynelmüttefikin Sıhhiye Kontrol İdaresi dağıtılmış ve Lozan Antlaşması’ndan sonra yerine İstanbul Limanı ve Boğazları Sıhhiye Müdüriyeti kurulmuştur. 1924’te bu kurumun adı “Hudut ve Sevahil Sıhhiyesi Müdüriyeti Umumiyesi” (Hudut ve Sahiller Sağlık Genel Müdürlüğü) olarak değiştirildi.