Çinggis Han, dinler arasında hiçbir ayrım gözetmeden kendi idaresini dinler üstü bir konuma getirmiştir. Din ve devlet idaresi birbirinden ayrılınca, devlet hanedanın, din ise halkın elinde kalmıştır.
Uzun zamanlar tarih çalışmaları açısından Çinggis Han ile Temür Beg’in aniden ortaya çıktığı ve hem kendi “acımasız” politikaları ile yakıp yıkmağa meraklı göçebe boyların şiddeti ile ortalığı kasıp kavurdukları gibi bir izlenim oluşmuştu. Yakın zamanlarda yapılan çalışmalarla bu görüş değişmektedir.
Çinggis Han, var olan boy dayanışmasını kırmak ve beyleri bertaraf etmek isteğiyle, boylar birliği düzeni yerine, bir ordu düzeni kurmuş, eski boy mensuplarını da, imparatorluğun her yanına dağıtmıştı. Bu politikalar ile, tarihte, boyların birbirleriyle çekişmelerine sebep olan “boy dayanışması” kırılmış oldu. O dönemde “Mongğol ulus” adını alan bu ordu millet, Çinggis Han’ın kendisine muhalefet eden eski boyları dağıtması, kendisi ile ittifak içinde bulunanları ve dost olanları ise taltif ederek, hizmetine almasıyla oluşmuştur. Hal böyle olunca Çinggis Han tarafından kurulan yeni düzen, bu yeni düzeni destekleyenlere, başarının ve sosyal yükselmenin önünü açmıştır. Çinggis Han ile ittifak içinde olanlar arasında Türkçe konuşan Uygurlar, Öngütler, Karluklar yanında o dönemde Moğolca konuştuklarını bildiğimiz bazı boylar da bulunmakta idi. Bunlar, hem yeni düzen için çalışmış, hem de bu sebepten dağıtılmayarak ayrıcalıklarını korumuş oldular.
Bu dönemde ilk bakışta dikkati çeken değişikliklere baktığımız zaman, bunların boyların dağıtılması yanında ordu devlet yaşamı, yeni yurt arayışları, sürgünler ve tüccarların devlet aygıtına entegrasyonu gibi işlevlerin yanı sıra yarım veya bir yüzyıl içinde sona eren, kısa dönemli yasa maddeleri olduğunu görürüz. Yasanın gereklerinden biri de din devlet ayrılığı idi. Çinggis Han, dinler arasında hiçbir ayrım yapmadan kendi idaresini dinler üstü bir konuma getirmiş ve böylece Asya’da 10-13. yüzyıllar boyunca sürmüş olan dinler mücadelesine de son verdi. Dinler üstü bir idare kurmak suretiyle de, din ve devlet işleri birbirinden ayrıldı. Herhalde Çinggis Han yasası olarak bilinenlerin en önemlilerinden biri ve uzun dönemli etkin olan prensiplerden biri de bu din ve devlet ayırımı idi.
Yeni kurulan ordu devlet içinde bu düzenin mensupları, kimin hangi boydan geldiği, kimin oğlu olduğu ile değil de, savaştaki ve idarecilikteki başarısı ile değerlendiriliyor ve bu prensipler çerçevesinde hayatta ilerliyorlardı. Ancak, aradan daha bir yüzyıl geçmeden bu düzen anlayışında değişiklikler ortaya çıkmış ve bu yeni düzenin de bir çeşit asilleri oluşmuştur.
Çinggis Han devrinde boy birlikleri lağvedilmişken ve ordu içindeki birliğini terkedene ölüm cezası verilirken, 14. yüzyılda boyların yeniden dirildiğini görüyoruz. Bunlar arasında Çinggis Han devrinden beri ayrıcalıklarını korumaya muaffak olmuş olan boylar varsa da, aralarında eskiden yok edilmiş guruplar bile yeniden sosyo-politik birlikler olarak varlık göstermeye başladılar. Benzer bir tutumu artık İslamiyet içerisinde varlık gösteren Çinggis Han sonrası, Türk ve Moğol topluluklarında kendilerine ata, baba adı verilen meşayih-i Türk, veya daha çok hoca unvanını taşıyan yerli (bazen Tacik kökenli) din ehline karşı güdülen politikalarda görmekteyiz. Evvelce bu dini liderlerden hiçbir zaman bir teki diğerine tercih edilmiyor ve böylece “idare”, dinler üstü bir konum alıyordu. Sonraları bu konulardaki hassasiyetler değişince halk ozanlarının söylediği destanlarda beylerin ataları evliyalara bağlanmaya başlanmıştır. Ancak beyler dini bir vasıf kazanmazlar.
Din ve devlet idaresinin birbirinden ayrılması sonucunda, devlet hanedanın, din de, halkın elinde kalmıştır. Çinggisli hanedan ile ilgili meseleler inanç ile ilgili olmadığı için, halk da devlet idaresini kendi inanç dünyasının dışında tutmuştur. Onun için etraf, hanlar-beyler mücadelesi ile kırılırken, menakıbnameler ve makamatlarda bu mücadelelerden eser yoktur. Çinggislilerden söz etmeyen bu eserlerin, öte yandan “beg”lerden söz etmeleri dikkate şayandır. Kısacası, “beg”ler kendilerini Çinggis Han devrine bağlamak suretiyle meşrulaştırırken, inanç guruplarının da mihverini oluşturmaktaydılar. Öte yandan meşruiyeti Çinggisli gelenekte, devlet töresinde arayan “beg”ler kendi maharetleri, dirayetleri ve kahramanlıkları sonucu “beg” unvanını almaktaydılar. Oysa, ata, baba unvanlarını taşıyanlardan kimin bu şekilde anılacağına halk karar vermekteydi. Diğer bir deyişle, din ve devletin en üst seviyede, devlet töresinde birbirinden ayrılmış olması prensibi, kendini halkın bu konudaki tutumunda da göstermişti. Geçiş döneminin özelliği olan bu ikilem 16. yüzyıldaki uzlaşmalarla sona erecekti.
